Яків Якович Зайко народився у білоруському селі Делятичі Гродненської області 4 квітня 1940 року. 15-річним переїхав до українського міста Житомира. Отримавши середню спеціальну освіту, працював столяром та слюсарем. Закінчив заочно вищу партійну школу при ЦК КПРС і розпочав журналістську діяльність: працював у редакціях газет "Радянський шлях" та "Зоря комунізму". Із 1984 року став редактором інформаційного вісника "Новини Житомирщини" та секретарем правління обласної організації Спілки журналістів України. Восени 1987 року разом з однодумцями заснував напівлегальний "Клуб друзів журналу "Огонёк", який згодом отримав назву "Клуб сприяння перебудові". Улітку 1988 року на основі клубу постав "Громадянський фронт сприяння перебудові" – політична структура. Її лідером був Яків Зайко, якого колеги та друзі називали мозком і мотором "житомирської революції", що спричинилася до ліквідації місцевої комуністичної номенклатури. У 1988 році Яків Зайко вийшов із лав КПРС та активно долучився до національного відродження. 1989 року він увійшов до журналістського кооперативу "Посередник" і став головним редактором газет "Голос громадянина" та "Трудова Волинь" у Житомирі.
У 1990 році Якова Зайка обрали народним депутатом до Верховної Ради України І скликання від округу № 153 Житомирської області. Він увійшов до Народної ради фракції "Народного руху України" в парламенті. Був членом Комісії ВРУ з питань гласності та засобів масової інформації. Рішення про створення парламентської опозиції – Народної ради, яка виборола ухвалення Декларації про державний суверенітет у 1990 році та Акта проголошення незалежності України в 1991 році, було підготовлено за участі Якова Зайка й зачитано ним із трибуни парламенту.
Етнічний білорус Яків Зайко ототожнював себе з українським народом: "Я є духовно чистокровним українцем, і мене тішить те, що мене прийняв Житомир, приймає Україна, що дала мені такий духовний простір, якого я хотів би побажати всім житомирянам і всім українцям".
Яків Зайко долучився до створення кількох багатотомних видань: шеститомного дослідження "Духовність життєдій" (1957–2005), трилогії "Юля" (1998–2005), дилогії "Месія" (2000–2006), а також був головним редактором книжок серії "Літопис державотворення (Декларація про державний суверенітет України)" (2010), видань "Здобуття незалежності України 1991" (2011) та "Ave, Ukraina!" (2011).
Іще за життя Яків Зайко отримав низку державних відзнак і нагород, зокрема у 1997 році орден "За заслуги" ІІІ ступеня; у жовтні 2002 року – почесну грамоту Верховної Ради України; 23 серпня 2011 року – орден "За заслуги" ІІ ступеня.
Яків Зайко мав трьох дітей.
Брав участь у Революції на граніті та у Помаранчевій революції.
Участь у Революції Гідності. У грудні 2013 року Яків Зайко долучився до масових протестів на майдані Незалежності у Києві. За спогадами сина, щодня виходив на Майдан та регулярно брав участь у пікетах.
18 лютого 2014 року Яків Зайко був в урядовому кварталі, де близько 14:30 зустрів головного редактора "Української літературної газети" Михайла Сидоржевського та народного депутата VII скликання Олега Ляшка. Зустріч із Ляшком зафіксовано на світлині – останній у житті Якова Зайка. Через наступ силовиків люди почали відступати Інститутською в напрямку майдану Незалежності. У натовпі Михайло Сидоржевський загубив Якова Зайка й о 15:49 зателефонував йому, однак зв’язок був поганий, імовірно, Яків Зайко вже був у метро. Згодом стало відомо, що о 16:00 на платформі станції метро "Театральна" Яків Зайко помер через серцевий напад.
Якову Зайкові було 73 роки.
Пошанування. Якова Зайка поховано у Житомирі. За громадянську мужність, патріотизм, героїчне обстоювання конституційних засад демократії, прав і свобод людини, самовіддане служіння українському народу, виявлені під час Революції Гідності, Указом Президента України № 890/2014 від 21 листопада 2014 року Якову Зайкові було присвоєно звання "Герой України" з удостоєнням ордена "Золота Зірка" (посмертно). Почесний патріарх УПЦ Філарет 4 липня 2015 року нагородив його медаллю "За жертовність і любов до України", а верховний архиєпископ Києво-Галицький УГКЦ Святослав 8 травня 2016 року відзначив почесною грамотою (посмертно). Ім’я та портрет Якова Зайка викарбувано на тимчасовому меморіалі Героїв Небесної Сотні у Києві, а також на Меморіалі Героїв Небесної Сотні у Львові. На фасаді загальноосвітньої школи № 8 у Житомирі, в якій він навчався, встановлено меморіальну дошку на його честь. 19 лютого 2016 року вулицю Бугайченка у Житомирі перейменували на вулицю Якова Зайка. У 2018 році вийшла книжка "Він був справжнім. Спогади про Якова Зайка".